Tiền thân của Công ty TNHH MTV Trắc địa Bản đồ là Xí nghiệp liên hợp Trắc địa Bản đồ, được thành lập theo Quyết định số 09/QĐ-QP ngày 09/01/1990 của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng (ngày 09/01/1990 đã được công nhận là Ngày truyền thống của Công ty).
Sau 03 lần chấn chỉnh tổ chức biên chế (các năm 1992,1996 và 2008), ngày 13/01/2009 Tổng Tham mưu trưởng QĐNDVN đã có Quyết định số 65/QĐ-TM về việc tổ chức lại Công ty Trắc địa Bản đồ thuộc Cục Bản đồ/ Bộ Tổng tham mưu. Theo đó, Công ty là doanh nghiệp Nhà nước có tư cách pháp nhân, thực hiện hạch toán kinh tế độc lập, là doanh nghiệp hoạt động công ích được xếp hạng I.
Thực hiện Quyết định số 2946/QĐ-BQP ngày 12/8/2010 của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng, bắt đầu từ ngày 01/01/2011 Công ty chính thức hoạt động theo mô hình Công ty TNHH MTV, là doanh nghiệp quốc phòng, an ninh 100% vốn Nhà nước do Cục Bản đồ/ Bộ Tổng tham mưu trực tiếp quản lý, là doanh nghiệp nhà nước có tư cách pháp nhân, thực hiện hạch toán kinh tế độc lập có tài khoản tại ngân hàng (cả tài khoản ngoại tệ), có con dấu riêng.
Có 7 đơn vị thành viên hạch toán kinh tế phụ thuộc.
